Posso solo risponderti che non ho mai sentito la necessità di modificare il file fluxbox.desktop

Se alcuni passaggi non ti sembrano utili li puoi sempre saltare.
Hai già impostato l'immagine di sfondo del desktop?
1) installiamo il programma feh che ci consentirà di settare l'immagine:
apt-get install feh
2) impostiamo lo sfondo:
fbsetbg -f /percorso/sfondo.jpg
3) apriamo il file ~/.fluxbox/init con il nostro editor di testi preferito e modifichiamo la seguente linea:
session.screen0.rootCommand:
così:
session.screen0.rootCommand: fbsetbg -l
in questo modo lo sfondo indicato al punto 2 verrà caricato ad ogni avvio di Fluxbox.
N.B. il simbolo ~ (tilde) indica la tua home directory, nel mio caso /home/stefano
Con feh puoi visualizzare anche le immagini contenute in una determinata directory, funziona da linea di comando, non è niente male come visualizzatore di immagini.