... mi sbaglio o nella guida non c'è scritto che la shell è uguale alla Gui?
Non volevo crearti confusione... ma la shell NON è per niente uguale alla GUI

!!!
Quello che volevo dire è che alcune cose si possono fare sia con la shell che con la GUI; ad esempio se installi un programma tramite shell apt-get install o tramite GUI Synaptic si tratterrà infine della stessa operazione fatta però con due mezzi diversi. Spero di essermi fatto capire...
apt-get install <nome pacchetto> e fa tutto lui e systema tutto lui ma questo vale anche per gli RPM non deb?
Con apt-get install installi il programma dalla rete (e tutte le dipendenze) tramite i repository. Non è che tu scarichi il programma e poi lo installi con questo comando. Spero le guide linkate ti saranno utili e magari anche la guida in progetto.