Istruzioni per ricompilare il kernel su debian:
http://www.debian.org/doc/manuals/reference/ch-kernel.it.html#s-kernel-compileti consiglio tuttavia di non usare l'initrd, dato che è inutile per un kernel ricompilato.
Quando configuri il kernel (make menuconfig o analoghi) la configurazione viene salvata nel file .config nella dir dei sorgenti del kernel. Per i kernel già compilati il file .config usato è in /boot (con nome leggermente diverso) e può essere usato, copiandolo nella cartella dei sorgenti del kernel con nome .config, come punto di partenza per ricompilare il tuo kernel.
Ti basta però compilare staticamente il supporto per il tuo controller dell'hd, per non aver bisogno di initrd.
Per il resto (problemi con FB) quoto Ldonesty.