Ce ne sono un'infinità! Dipende poi esattamente da cosa vuoi fare.
C'è sox che permette di convertire più o meno qualsiasi formato audio come vuoi.
Se invece ti serve solo per creare mp3 da file wave allora bata avere lame (lo trovi nei repository Marillat).
Se però devi creare degli mp3 da un cd audio allora ti serve anche un programma per l'estrazione delle tracce e in questo caso io di solito uso cdparanoia. Lo so, tutti i programmi che ho consigliato sono a linea di comando, ma che ci volete fare, sono un fanatico della shell

Per i consigli sulle gui lascio spazio a chi è più informato di me in proposito.