Ciao,
per accedere ad internet via proxy e poter utilizzare aptitude&c., devi settare la variabile d'ambiente:
# export http_proxy=http//nomeutente:password@indirizzo.proxy.tuo:porta
a quel punto sei in grado di dare aptitude update, upgrade, etc.
Volendo puoi mettere quella riga in .bashrc così da non essere costretto a ridigitarla ogni volta.
In questo caso, ovviamente, serve solo se il pc è stabilmente collegato a quella specifica rete.
Se invece vuoi utilizzare synaptic, nelle impostazioni trovi i settaggi del proxy.