La scelta di Gnome su KDE è stata fatta ben prima della nascita dei problemi di licenza dello stesso, ed è stata in parte politica (fronte americano contro fronte europeo) ma non è questo il problema, ognuno è libero di usare quello che preferisce secondo i propri gusti.
Però mi chiedo anche , ora come ora, che gli HD abbondano di Giga, perchè andarsi a "complicare" la vita a togliere pacchetti?
Se una cosa non mi serve e non serve al sistema per funzionare, perché devo essere obbligato ad installarlo se sto usando una "qualcosa" di libero?
Il punto non è voglio risparmiare spazio, mettendo dipendenze inutili mi si fa un obbligo, qualcosa di completamente antitetico rispetto ai valori che dovrebbe promuovere una distro come Debian.
Io uso gnome (kde non mi piace

per una serie di motivi...) però allo stesso tempo ho pacchetti di kde (es.immagemagik lphoto, manslide ed altro) e convivono tranquillamente. Perchè non possono coesistere?
Perché tu hai scelto di installare entrambe le cose, se un altro utente decide diversamente perché deve essere obbligato a portarsi dietro pacchetti unitili?
Il discorso non si applica solo a Gnome, anche se è IMHO l'esempio più esplicativo.
Altro esempio possibile è la dipendenza nei pacchetti di texlive dei -doc:
L'installazione di texlive mi ha obbligato ad installare texlive-doc-base.. ma io già conosco quasi a memoria ciò che c'è dentro il pacchetto, come usarlo e come installare pacchetti aggiungivi a tetex.
Se ho bisogno di qualcosa consulto il Lamport o la documentazione su CTAN, perché obbligarmi ad installare qualcosa che tra l'altro occupa più del pacchetto stesso?
Alla fine della fiera, in meno di 4 Giga si può avere, tutto o quasi, quello che ci serve.
La mia installazione sul portatile arriva a 2.7GiB e comprende, come detto, texlive, un'installazione di oracle 10G, 2 versioni di JDK e varie schifezze che ho dovuto mettere in /, quindi si puo' anche fare in _molto_ meno. Ma, non è questo il punto.
Riguardo agli altri DE, fluxbox o xfce, dato che si basano sulle librerie GTK è ovvio che devono attingere da Gnome.
Non è affatto ovvio perché, come hai detto te, usano (alcuni) le GTK, non Gnome.
GTK sono librerie grafiche, Gnome è un DE che fa uso (tra le altre) delle GTK, le due cose sono distinte, sarebbe come dire che se installi Skype (che usa le Qt) si fosse obbligati ad installare almeno kdelib.
Tra l'altro fluxbox non è un DE, ma un WM e se non ricordo male usa direttamente le xlib.