Quanta è specifico per il web (paccehtto kdewebdev), potrebbe andare comunque bene per scrivere codice Java. Ma un vero e proprio IDE sulle Qt non mi pare che ci sia, poi gcj è del progetto GNU.
Puoi provare kdevelop, è un ottimo IDE C/C++ specifico per KDE. Potrebbe, oltre ad evidenziarti il codice Java, darti qualche funzionalità utile.
Però ti chiedo se davvero sono le GTK a crearti problemi e non quello che Eclipse offre e che comunque potresti volere comunque da un IDE. Anche i pacchetti della Sun in non-free non sono certo piccoli.
Se sei esperto di programmazione è meglio che non ascolti me che non lo sono, ma senza indicazioni altrui io punterei proprio sui runtime gcj evitando quelli non-free, proprio come consiglia Stallman. Sarebbe anche il mio un caso in cui per un megaIDE si può aspettare. Si potrebbero così fare così un mucchio di cose senza un HD imbottito.
Scusa se ho detto scempiaggini

ma temo che i problemi di occupazione prescindano dai toolkit grafici, semplicemente su GNOME avresti più dipendenze in comune ma comunque con il peso di un IDE come Eclipse, se è quello che ti serve.
Ricordo che Visual Studio aveva tutto già fatto (anche la cuccia del cane di Bill Gates) nei framework e negli SDK ed era enorme....
Dimmi che ne pensi e se sono fuori strada.