rkhunter effettua un controllo sostanzialmente passivo: se riscontra una discrepanza tra l'hash di un file attuale e quello registrato in precedenza, lo segnala. Non è in grado di dirti autonomamente che è un falso positivo, il che tipicamente avviene se quel file è stato aggiornato con
apt-get o similari. Per questo, ad ogni upgrade da fonte affidabile, va subito fatto seguire
rkhunter --propupd, sì da fargli prendere atto del fatto che "va tutto bene"

In conclusione, nel tuo caso è tutto a posto? La risposta è: impossibile dirlo. Solo tu sai se hai aggiornato di recente quei files: controlla perciò in tal senso.