Dipende da come ce l'hai installato...
make install => make uninstall (ma non sempre è supportato)
checkinstall o pacchetti deb => solita procedura tramite il gestore di pacchetti

PS: per la coesistenza che dicevi prima... io compilo wesnoth per debian etch... gli ho cambiato il prefix (installo sotto /opt, ma è la stessa cosa di /usr/local)... gli ho cambiato la directory delle preferenze (diversa da ~/.wesnoth)... e non ho messo il link all'eseguibile sui $PATH, quindi per eseguirlo devo metterne il path completo. Siccome l'ho compilato con le librerie di sviluppo standard di debian etch, non da' neanche conflitti di dipendenze. Facendo tutte queste cose, convive con la "versione ufficiale"