In generale si usano 2 opzioni:
# apt-get
upgradeche viene usato per aggiornare i pacchetti del sistema (che risiedono nel sistema) alle nuove versioni disponibili nei repository selezionati. Questo comando serve solo per aggiornare e non rimuove pacchetti, semplicemente, se vi sono pacchetti che vanno in conflitto e quindi rimossi, li lascia stare e li marca come "non aggiornabili".
# apt-get
dist-upgradefa in pratica la stessa cosa "ma" cerca a suo modo di risolvere i problemi con le dipendenze (se e quando) ve ne sono. Quindi a volte alcuni pacchetti vengono rimossi se non ritenuti fondamentali o necessari.
P.S. Credo vi sia una terza opzione relativa
solo ad aptitude,
# aptitude
full-upgrade la quale dovrebbe essere la versione (qui lo dico e qui lo nego) "distruttiva" di dist-upgrade
Quindi, tornando alla domanda... nel caso in cui tu abbia posto
stable nel tuo sources list, al momento del passaggio di Stretch
come versione stabile ufficiale, anche un semplice upgrade andrà ad aggiornare parte del sistema

Edit - comunque a me i pacchetti risultavano differenti, l'update con stable nel sources.list era anche molto più lungo.
Puoi postare il tuo sources.list?