@ wakko
volevo fare due cose
compatibilità e uso di tecnologie (tra cui codec) liberi (anche a scapito della compatibilità)
non ho capito il tuo discorso sul sopporto dei programmi liberi ai codec liberi, dal momento che scelgo di usare soltanto formati liberoìi su debian, ad esempio, non dovrei avere nessun problema i miei film in mkv, no?
O te parlavi nel caso volessi rimasterizzare i film? Io con compatibilità, più che ai dispositivi ottici pensavo un po' al resto, come ad esempio tablet, però quando ho fatto domanda speravo che il mondo multimediale fosse meno variegato

Però come detto prima la combinazione di codec e formati scelti mi riporta sostanzialmente al formato webm, che aumenta quindi le possibilità che in futuro sempre più programmi siano compatibili con tale formato.
Va bene, windows forse non leggerà il formato mkv senza configurazioni, al contrario (credo) degli mp3, ma vlc (e suppongo/spero) altri lettori liberi che sono sicuramente migliori del media player preinstallato non penso abbiano difficolta a riprodurli.
Se invece intendevi il fatto che handbrake non lo usi come encoder, purtroppo non so cosa, dire dispiace anche me, però su 4 formati che supporta 3 sono liberi (vp3, fmpeg2 e fmpeg4)