Mi pare che nelle ultime versioni di Xorg dove non vengono specificate opzioni nello xorg.conf vengono assunti dei valori di default.
Se non è presente una certa sezione la crei, semplicemente

Confermo la cosa.
Ho (re)installato da poco la debian testing e ho notato subito che mette questi valori default, il dpkg-reconfigure xserver-xorg ti fa solo qualche domanda sulla tastiera.
Anche la voce nv per i driver nvidia standard non compare più sostituita da un default.
Avevo notato questa cosa anche nell xorg di ubuntu 8.10 alpha.
Quando ho messo i diver accelerati l'installer mi ha rimodificato il file rendendolo simile al vecchio ma ad ogni avvio non mi veniva riconosciuta la tastiera italiana (compariva una strana voce default keyboard), e anche impostandola manualmente da X, all'avvio successivo non manteneva i settaggi.
Se favevo il reconfigure mi chiedeva della tastiera ma non mi chiedeva dei driver accelerati rimettendomi gli standard.
Alla fine ho risolto con un lavoro di copia e incolla sostituendo i settaggi della tastiera italiana de nuovo Xorg in quello "vecchio" dei driver nvidia salvato prima come backup e aggiustando qualche parametro nella sezione server layout.
Da cosi che me lo sono ritrovato dopo i driver accelerati:
Section "ServerLayout"
Identifier "Layout0"
Screen 0 "Screen0"
InputDevice "Keyboard0" "CoreKeyboard"
InputDevice "Mouse0" "CorePointer"
L'ho messo cosi:
Section "ServerLayout"
Identifier "Layout0"
Screen "Screen0"
InputDevice "Generic Keyboard" "CoreKeyboard"
InputDevice "Mouse0" "CorePointer"
Generic Keyboard era il nome del device copiato dal nuovo xorg seguito dalle impostazioni italiane...
Non so bene cosa ho fatto ma alla fine ha funzionato
